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基于高通量测序技术分析人工圈养成年蜂猴的粪便微生物多样性

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目的 研究成年蜂猴的肠道菌群组成情况,以探讨人工圈养蜂猴的健康影响因素。

方法 采集4只成年雄 性蜂猴的粪便样本,运用细菌16S rDNA通用引物扩增V4区,应用Illumina NovaSeq测序平台对蜂猴粪便微生物进 行测序分析,并使用Qiime软件分析样本的复杂度和相似度。基于有效数据分析样本肠道菌群在门、属水平上的物 种结构和丰度,同时应用PICRUSt软件进行菌群的代谢功能预测。

结果 年龄最小的蜂猴的肠道菌群多样性指数 shannon高于其他蜂猴。PCoA分析显示4只蜂猴的样本菌群组成具有一定的相似度。4只蜂猴的粪便中细菌共鉴定 出了12个门、18个纲、28个目、49个科、93个属和59个种。其中,优势菌门是拟杆菌门 (Bacteroidetes) 和厚 壁 菌 门 (Firmicutes), 平 均 相 对 丰 度 分 别 为 46% 和 28%; 拟 杆 菌 属 (Bacteroides)、 双 歧 杆 菌 属 (Bifidobacterium) 和梭菌属 (Fusobacterium) 的丰度较高,平均相对丰度分别为33%、6%和6%;有益菌群双 歧杆菌属在4个蜂猴粪便样本中都存在,且在年龄较小的蜂猴中相对丰度最高。PICRUSt功能预测分析显示,蜂猴 粪便菌群中氨基酸转运和代谢、碳水化合物转运和代谢等功能基因的丰度相对较高。

结论 应用Illumina NovaSeq 高通量测序技术可以较全面地检测蜂猴的粪便菌群。蜂猴粪便中细菌组成具有丰富的多样性,其中还有许多未被分 类鉴定且相对丰度较高的细菌,需要进一步研究。

阅读原文:基于高通量测序技术分析人工圈养成年蜂猴的粪便微生物多样性.pdf

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