将号码烙印在圆形或方形金属牌（推荐材质为铝或不锈钢，以确保长期使用不生锈），或者将号码烙在栓在动物颈部皮带上，再将颈圈固定在动物颈部。该方法主要针对大型动物如狗等的实验标记中。耳标法作为一种补充手段，可通过耳标钳将耳标打在动物耳朵上。

但挂牌或耳标有缺点，可能使动物感到不适，会用前爪搔抓号牌而使耳等部位损伤。在选用材质上要确保不会对动物造成刺激或过敏反应，并且尺寸适中。

在烙印前，用消毒酒精的棉球擦拭动物的耳朵，用刺数钳（又称耳号钳）在耳朵上刺出号码。完成烙印后，立即使用棉球蘸取适量溶解在食醋中的黑色墨水，涂抹烙印部位，保证号码清晰持久。

此方法适用于耳朵相对较大动物种类，如兔子、狗等。

剪脚趾是一种常用标记方法，对动物影响很小。特别是当剪下的脚趾组织需用于基因检测时，推荐剪趾法。操作剪取的鼠爪量为鼠爪趾尖组织1至2毫米，约整个脚趾前端的1/3，相当于人手指的第一指节长度，最大限度地减少对小鼠运动能力的影响。避免剪去太多脚趾，容易失血过多引发健康问题，影响实验结果。剪去的一部分脚趾可渐渐长合，因此，不是太好分辨。

为了更系统地进行标记，我们可以采用左右前肢或后肢脚趾的不同排列组合来代表不同的数字。通常，从左至右，第一趾代表1号，第二趾代表2号，同时剪去前一、二趾则为3号，第三趾为4号，前三趾同时剪去为5号，第一、三趾同时剪去为6号，第四趾单独剪去为7号，第一、四趾同时剪去为8号，第二、四趾同时剪去为9号。右脚表示个位，左脚表示十位。

针对兔、犬、猪等体毛颜色较深、不易着色的实验动物进行长期实验时，可采用打孔或剪缺法标记。

对于打孔法，在动物左耳或右耳的一定位置打一小孔来表示号码。对于剪缺口法，应在剪后用滑石粉捻一下，以免愈合后看不出来。该法可以编至1～9999号，原则是：左耳代表十位，右耳代表个位。

涂染法是一种最常用、最易掌握的经济方法，通过在动物身体的显著部位（如被毛、四肢等）应用染料或化学剂来区分各组动物。根据实验分组编号的需要，可用一种化学药品涂染实验动物背部被毛即可，如果动物较多，可选择两种染料。

该方法对于实验周期较短的研究较为适用，但时间长了，染料可能会褪掉。另外，对于哺乳期的幼畜，涂染法不合适，因为母畜容易咬死子畜或把染料舔掉。

以下是常用的标记液：

3-5%苦味酸溶液（黄色）

0.5%中性红或碱性品红溶液（红色）

2%硝酸银溶液（咖啡色）

煤焦油酒精溶液（黑色）